2020年7月，科学研究院（新农村发展研究院）由原科学技术处（校学术委员会秘书处、校科学技术协会秘书处、成果转化办公室）、原人文社会科学处、原重点实验室建设办公室、原社会服务办公室（新农村发展研究院、扶贫办公室）、学报编辑部组成。2023年12月，科学研究院（新农村发展研究院）内设社会服务处现有职责职能从科学研究院(新农村发展研究院)剥离出来，成立乡村振兴与社会服务处。科学研究院（新农村发展研究院）内设社会服务处、广东农村政策研究中心、华南农业大学乡村振兴研究院等三个单位的内设科室撤销，原科学研究院（新农村发展研究院）更名为科学研究院。下设项目管理处、人文社会科学处、综合办公室、成果管理办公室、平台建设与管理办公室、学报编辑部、学术委员会秘书处办公室（学术道德委员会办公室、科学技术协会秘书处办公室）。

主要职能：

负责科研项目管理工作；

负责科研成果管理和转化工作；

负责科研平台建设与管理工作；

负责智库建设与管理工作；

负责华南农业大学学报（自然科学版和社会科学版）的编审、出版和发行工作；

承担学校学术委员会秘书处、科学技术协会秘书处、学术道德委员会办公室日常工作。